Der von dem russischen Finanzminister Sergei Juljewitsch Witte geleitete Bau der Transsibirischen Eisenbahn sollte gemäß den ersten Plänen komplett durch den russischen Haushalt finanziert werden. Zum Zeitpunkt des Baus ging man davon aus, dass dieser Haushalt gewisse Überschüsse erwirtschaften würde. Der für den Bau und die Finanzierung der Transsibirischen Eisenbahn geplanten Kosten betrugen jedoch fast 330 Millionen Rubel, was der Finanzierung durch eventuelle Haushaltsüberschüsse jede Basis nahm.
Um das Projekt der Transsib tatsächlich finanzieren zu können, nahm man Schulden auf, insbesondere die beiden Länder Belgien und Frankreich. Diese Schulden wurden in Form von Anleihen aufgenommen und im russischen Haushalt dann genauso wie Einnahmen behandelt, daher konnte die Finanzierung dann tatsächlich durch Überschüsse des Haushalten sichergestellt werden, obwohl diese in Wirklichkeit natürlich Schulden waren. Der Bau der Transsibirischen Eisenbahn brachte jedoch automatisch auch die russische Wirtschaft in Schwung, da der gesamte Bau der Transsib über einheimische Firmen abgewickelt wurde. Die gesamte Baubranche und vor allem die metallverarbeitende Industrie erlebte in dieser Zeit wegen des gigantischen Vorhabens einen großen Aufschwung.
Wie bei großen russischen Projekten üblich, überstiegen die realen Baukosten die in der Finanzierung festgesetzten Kosten natürlich um ein Vielfaches, die Kosten vervierfachten sich fast. Als durchschnittliche Baukosten werden knapp 70.000 Rubel pro Kilometer angegeben, bei der Umgehung des Baikalsees sollen es sogar fast 200.000 Rubel pro Kilometer gewesen sein.
Die Chinesische Osteisenbahn, die als südlicher Zweig der Transsibirischen Eisenbahn gilt und im Jahre 1903 fertiggestellt wurde, kostete jedoch insgesamt noch einmal etwa 11 Millionen Rubel mehr als die ursprüngliche Strecke der Transsibirischen Eisenbahn, deren Finanzierung schon mächtig ausgeweitet werden musste. Diese immensen Kosten für den südlichen Streckenabschnitt resultierten aus einer Vielzahl von Komplikationen, wie beispielsweise dem Auftreten der Beulenpest und der Cholera. Durch diese besonders weit verbreiteten und hochinfektiösen Krankheiten, die damals kaum behandelt werden konnten, starben viele Arbeiter.
Auch die politische Situation war alles andere als rosig, die Eisenbahnprojekte genossen in dieser Zeit keine Priorität mehr und der Bau lief demzufolge nur noch stockend und schwerfällig. Ein anderes Problem war der sogenannte Boxeraufstand, der im Jahr 1900 stattfand und dem sich die Mehrzahl der angeheuerten Arbeitskräfte anschloss. Im Rahmen des Aufstandes zerstörten sie fast 700 Kilometer der Bahnstrecke, die bis dahin schon fertig gestellt worden waren.
Die Planungen für ein zweites Gleis entlang der bis dahin eingleisigen Strecke begannen im Jahre 1908, für die Finanzierung dieses Projektes wurden diesmal direkt 500 Millionen Rubel veranschlagt. Dieser geplante Ausbau wurde jedoch lange aufgeschoben und verzögerte sich ebenfalls oft, dadurch fand die Fertigstellung erst nach dem 2. Weltkrieg statt.